「未来へのプロローグ」を閲覧するとエンディングで画面が停止する
でぶチョコボに話しかけると表示される「イベントシアター」メニュー内の「未来へのプロローグ」を閲覧した状態でエンディングを迎えると、本来キャラクターが操作できないシーンで、操作が可能になり、画面が停止するというものです。対処法としては「未来へのプロローグ」は閲覧しない、もしくは閲覧後はセーブせずにゲームを終了する、ということが挙げられています（「未来へのプロローグ」は2週目以降で登場します）。
飛空艇が使えなくなる
(1)飛空艇を地底に配置する (2)その状態でDSの電源を切らず、メニューから「タイトルへ」を選択する、もしくは、バトルで全滅してタイトル画面に戻りニューゲームを開始する、以上を満たす場合、バロン城での飛空艇入手イベント後に飛空艇のグラフィックが表示されなくなります。また、現象発生後に陸地など飛空艇が直地可能な場所で Bボタンを押すと、それ以降飛空艇が使用できなくなります。